研究者紹介

大阪大学　微生物病研究所　遺伝情報実験センター　ゲノム解析室

特任助教　元岡　大祐　様

　　　　　尾崎　有紀　様

センターの紹介

感染症に対する防御法や治療法の開発には、病原体が病原性を発揮するメカニズムおよび宿主側の感染応答機構の双方の理解が必須です。ゲノム解析室は、これら感染症の病態について遺伝子レベルの解析を中心とした研究支援・技術提供を行うために設置されました。大型計算機システムの情報基盤と遺伝情報解析技術を融合させ、次世代シークエンサーを用いて得られたデータの包括的・網羅的な解析を中心に研究支援を行うことを目的にしています。研究支援先は、研究分野や所属機関（国内外、アカデミア・企業）を問いません。支援先によって、共同研究もしくは受託解析を行っています。次世代シークエンサーは、Illumina社のNovaSeq 6000、HiSeq 3000、HiSeq 2500、MiSeq、Nanopore社のMinIONなどを所有しており、年間800案件（サンプル数で10,000検体）以上を受託しています。

対応アプリケーションは、RNA-Seq解析、全エクソーム解析、シングルセル解析、メタゲノム解析、全ゲノム解析など多岐に渡っています。主に研究者が研究支援を行っており、実験計画からデータ解析、論文作成まで幅広くサポートしています。
また、シングルセル解析関連機器は、Rhapsody（Becton Dickinson社）、C1（Fluidigm社）、ICELL8（タカラバイオ社）、10x Chromium（10x Genomics社）を所有しています。 提出検体は、DNA・RNA・Libraryだけではなく、未精製サンプル（全血・細胞・スワブ・糞便など）からも受付しています。

Dynabeadsの活用事例

全エクソーム解析やRNA-Seq解析のライブラリー調製では、Agilent Technologies社のSureSelectシリーズを使用しています。そのプロトコルのハイブリダイゼーションの過程にDynabeadsが指定されているため、使用しています。
様々な依頼者からのサンプルを調製しているため、数検体での調製から100検体を超える検体を調製する場合もあります。48検体ほどまでは、実験者がすべて手動で実験を行いますが、48検体を超えた場合はAgilent Technologies社の自動化ソリューションBravo Automated Liquid Handling Platformを利用して実験を行っています。
Dynabeadsはビーズが細かいため、実験者による実験の場合でも、多検体処理の際のロボット使用の場合でも、分注前によくボルテックスにより混ぜること、分注の際にチップに残らないことを確認することで、安定した結果が出ています。

参考情報：Dynabeadsを使用しているプロトコル

受託解析のご案内

ゲノム解析室では、今回ご紹介した解析以外にも様々な受託解析を行っております。ご興味のある方は、下記のリンク（研究室のウェブサイト）からお問い合わせください。
今後、MiSeqを利用したHLAタイピング（AllType：One Lambda社）にも対応することを予定しております。お気軽にお問い合わせください。

※研究目的のみの解析を受け付けております。検査目的の解析はお受けできませんのでご了承ください。

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