ラーニングコーナー
2018/07/02
「HLAのパイオニア」One Lambda社からNGS-HLAタイピングのソリューションを提案
- 移植・HLA・MHC
HLA (Human leukocyte antigen：ヒト白血球抗原) はヒトのMHC (Major Histocompatibility Complex：主要組織適合性複合体) で、「自己」と「非自己」の識別などの免疫反応に重要な役割を果たしています。HLAはタンパク構造や機能の違いなどから、クラスI (HLA-A、B、Cなど) とクラスII (HLA-DR、DQ、DPなど) に大きく分けられます。
HLAをコードする遺伝子は6番染色体短腕に位置し、約4Mbの領域に密集しています。HLA遺伝子の大きな特徴のひとつに、それぞれが非常に多型性に富むことが挙げられます。HLAの対立遺伝子 (アレル) はクラスIで13,000種以上、クラスIIで4,800種以上に達し (2018年3月時点) 、HLA-DNAタイピング技術の進歩により現在も増え続けています。加えて、この4Mbの領域内にはHLA偽遺伝子 (pseudogene) も多数含まれ、HLAアレルの確実なタイピングをさらに難しくしています。
HLA遺伝子群の模式図
左：セントロメア側、右、テロメア側。約4Mbの領域に密集。
HLA遺伝子のタイピング方法として、PCR-SSP法（例：マイクロSSP）、PCR-rSSO法（例：LABType SSO）、PCR-SBT法（例：SeCore SBT）が挙げられます。そして、最も高精度なタイピング方法として、次世代シーケンサー（NGS）によるHLA遺伝子タイピング法もおこなわれています。
「HLAのパイオニア」であるOne Lambda社から、NGS-HLAタイピング試薬「AllTypeTM NGS」を販売しております。
AllType NGSは11ローカスのHLA遺伝子の5’UTR（一部はExon 2）から3’ UTRを解析対象とし、非常に高解像度なHLA-DNAタイピングを実現します。
※AllType-NGSは旧来品NXTypeTM NGSに比べて、解析対象の範囲が広がっています。
AllType-NGS 概要
AllType NGS - A Complete NGS Slution
AllType NGSの概要を動画でご紹介しています（英語）。
AllType NGSの特長
- マルチプレックスPCRで、HLA クラス Iおよびクラス II領域に位置する11ローカスの遺伝子を1本のチューブで同時に増幅
- Ion S5™ システム、MiSeqシステム（Illumina）で解析可能 ※ Ion PGMシステムには対応していません
- 測定終了後にスタンドアローンの専用解析ソフトウェアTypeStream™ Visualで解析（試薬購入時に無料提供）
- サンプル調製～測定～解析まで最大96サンプルを3日以内でタイピング可能
AllType NGSのアプリケーション
- 臓器移植・骨髄移植時の組織適合性検査
- 疾患感受性遺伝子の検索
- 集団遺伝学的アプローチ
AllType NGSのワークフロー
マルチプレックスPCRサンプルの調製から、3日以内にデータ解析が可能です。
- HLA領域の増幅：マルチプレックスPCR
- ライブラリー調製：フラグメンテーション、バーコードの付加
- シーケンス反応：Ion S5システムまたはMiSeqシステムを使用したシーケンス
- データ解析：プラグインの解析ソフトTypeStream Visualを用いた自動解析
AllType NGSの対象となるHLAローカスと解析対象の領域
| HLA Class I Locus | ターゲット領域 | HLA Class II Locus | ターゲット領域 |
|---|---|---|---|
| A | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | DRB1 | Exon 2 ～ 3'-UTR(*) |
| B | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | DRB3/4/5 | Exon 2 ～ 3'-UTR(*) |
| C | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | DQB1 | Exon 2 ～ 3'-UTR(*) |
| DPB1 | Exon 2 ～ 3'-UTR(*) | ||
| DQA1 | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | ||
| (*)…3' UTRのイントロン領域も増幅 | DPA1 | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | |
