One Lambda AllType NGS AllType Rapid 11 Loci Kit
- 研究用
- 新製品
AllType RapidはOxford Nanopore Technologies社のナノポアシーケンステクノロジーを使ったロングリードシーケンス対応のHLAタイピング試薬です。MinION Mk1D（Oxford Nanopore Technologies社）でのシーケンスに対応しております。
※本試薬はPCR試薬のみとなります。ライブラリ作成試薬、バーコード試薬などは弊社では取り扱っておりません。別途購入が必要となりますので、詳細はお問い合わせください。
2018/05/14 12:00の製品情報
本製品は研究目的にのみ使用し、人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないようにご注意ください。
製品の特長
本製品の特長
Long range PCR x Long read sequencingでHLA遺伝子全長を高速タイピング
- マルチプレックスPCRで、HLA class Iおよびclass II領域に位置する11ローカスの遺伝子を1つのチューブで同時に増幅
- MinION Mk1D（Oxford Nanopore Technologies社）を使用してハンズオン1.5時間、トータル4.5時間で結果取得（1検体の場合）
- 最大24検体を同時処理
- Long read sequencingでphase ambiguityを解消
※本試薬はPCR試薬のみとなります。ライブラリ作成試薬、バーコード試薬、シーケンス試薬は弊社では取り扱っておりません。別途購入が必要となりますので、詳細はお問い合わせください。
AllType Rapidの解析対象ローカスとその領域
AllType Rapidアッセイでは、シングルチューブで11ローカス全てのClass IおよびClass II遺伝子座を増幅します。このためamplicon poolingの必要性がありません。
| HLA Class I Locus | ターゲット領域 | HLA Class II Locus | ターゲット領域 |
|---|---|---|---|
| A | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | DRB1 | Exon 2 ～ 3'-UTR(*) |
| B | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | DRB3/4/5 | Exon 2 ～ 3'-UTR(*) |
| C | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | DQB1 | Exon 2 ～ 3'-UTR(*) |
| (*)…3' UTRのイントロン領域も増幅 | DPB1 | Exon 2 ～ 3'-UTR(*) | |
| DQA1 | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | ||
| DPA1 | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | ||
AllType Rapidのワークフロー
AllType RapidアッセイのPCR増幅は2時間程度で完了します。
その後、ライブラリー調整を経てMinIONによるシークエンスを行い、解析を行います。
最適化されたプロトコールにより、1検体の場合は約4.5時間、24検体の場合は約11時間で解析が完了します。
専用解析ソフトウェア（TypeStream Visual）による解析
得られたデータは最先端の解析ソフトウェア（TypeStream™ Visual: TSV）により、自動的にジェノタイピングされます。 ユーザーの方にはソフトウェアを無償でお届けしております。
IMGT/HLAライブラリーは6か月毎にupdateを行い、精度と正確性の高いHLAタイピングを実現します。
＜TSVを使用した解析結果例＞
※TSVの利用はソフトウェアおよび認証キーが必要となります。詳細はお問い合わせください。
※解析に必要なデータファイルはOne Lambda社ホームページからのダウンロード、もしくは弊社にお問い合わせください。
