One Lambda AllType NGS AllType NGS 11-Loci Amplification Kit

  • 研究用

AllType™ NGSアッセイは迅速性を実現したNGSベースのHLAジェノタイピングシステムです。
このアッセイは、シングルチューブで11ローカス全てのClass IおよびClass II遺伝子座を増幅させ、amplicon poolingの必要性がありません。
また、使用するシーケンサーに応じたバーコードキットが提供されており、選択したプラットフォームでシーケンス可能なライブラリを作成できます。
得られたデータは最先端の解析ソフトウェア(TypeStream™ Visual)により、自動的にジェノタイピングされます。
PCRから解析まで、3日以内に結果を得ることができます。
本製品は、AllType NGSアッセイを行うためのPCR増幅試薬です。
ThermoFisher社Ion S5™/Ion GeneStudio™ S5および、llumina社MiSeq™/MiniSeq™/iSeq™ 100でのシーケンスに対応しております。
またライブラリ作成キット、アダプター・バーコードキットは含まれておりません。お使いの機器に対応した製品を別途購入ください。

2018/05/14 12:00の製品情報

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本製品は研究目的にのみ使用し、人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないようにご注意ください。

製品の特長

本製品の特長

対応するシーケンサーにMiniSeq/iSeq 100が追加されました!

  • マルチプレックスPCRで、HLA class Iおよびclass II領域に位置する11ローカスの遺伝子を1つのチューブで同時に増幅
  • Ion GeneStudio S5システム、MiSeq/MiniSeq/iSeq 100システム(Illumina)で解析可能 (※Ion PGMシステムには対応しておりません)
  • 測定終了後は専用解析ソフトウェアTypeStream Visualで自動解析
  • サンプル調整~測定~解析まで最短で2日、最大96検体を同時処理 (※使用する機器により最大サンプル数は異なります)

AllTypeの解析対象ローカスとその領域

HLA Class I Locus ターゲット領域 HLA Class II Locus ターゲット領域
A 5'-UTR ~ 3'-UTR(*) DRB1 Exon 2 ~ 3'-UTR(*)
B 5'-UTR ~ 3'-UTR(*) DRB3/4/5 Exon 2 ~ 3'-UTR(*)
C 5'-UTR ~ 3'-UTR(*) DQB1 Exon 2 ~ 3'-UTR(*)
(*)…3' UTRのイントロン領域も増幅 DPB1 Exon 2 ~ 3'-UTR(*)
DQA1 5'-UTR ~ 3'-UTR(*)
DPA1 5'-UTR ~ 3'-UTR(*)

AllType NGS紹介動画

AllType NGSのワークフロー

AllType NGSアッセイではLong RangeのMultiplex PCRを採用していますが、増幅は2.5時間程度で完了します。
その後、ライブラリー調整を経て次世代シークエンサーによるシークエンスを行い、解析を行います。
結果の取得までは2~3日となりますが、最適化されたプロトコールにより、ハンズオンタイムは最小限に抑えられています。

各装置でのシーケンスパフォーマンス

プラットフォーム シーケンス試薬 出力データサイズ 最大解析サンプル数 シーケンス時間
Ion GeneStudio S5 Ion 530 Chip 6-8 Gb / 15-20 M reads 48 21.5 h*
Ion GeneStudio S5Plus 8 h*
MiSeq Reagent Kit v2 4.5-5.1 Gb / 24-30 M reads 96 24 h
Nano Kit v2 1.2 Gb / 8 M reads 24 19 h
Micro Kit v2 500 Mb / 2 M reads 8 17 h
MiniSeq High Output Reagent Kit 6.6-7.5 Gb / 44-50 M reads 96 24 h
Mid Output Kit 2.1-2.4 Gb / 14-16 M reads 72 17 h
iSeq 100 i1 Regent 1.2 Gb / 8 M reads 24 17.5 h

*Ion Chefによるテンプレート調製の時間は含まれません。

ご利用のシーケンサーにより、出力データ量や解析可能なサンプル数が異なります。実験内容に適した機器と試薬をご選択ください。

専用解析ソフトウェア(TypeStream Visual)による解析

ユーザーの方にはAllType専用解析ソフトウェアTypeStream Visualを無償でお届けしております。
スタンドアローンでの解析が可能で、Ion S5又はIlluminaプラットフォームからのデータに対応しています。
IMGT/HLAライブラリーは6か月毎にupdateを行い、精度と正確性の高いHLAタイピングを実現します。

※TSV2.0の利用はソフトウェアおよび認証キーが必要となります。詳細はお問い合わせください。

※解析に必要なデータファイルはOne Lambda社ホームページからのダウンロード、もしくは弊社にお問い合わせください。

製品資料

TypeStream Visual簡易操作説明書

新アッセイ製品のご案内

AllType FASTplex NGS 11-Loci Flex Kit (OLI-FAST11LFX)

HLAジェノタイピングをさらに迅速に行うことができます。

詳しくは該当製品ページをご覧ください。

技術資料

関連製品

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