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One Lambda AllType NGS AllType NGS 11-Loci Amplification Kit

  • 研究用

AllType™ NGSアッセイは迅速性を実現したNGSベースのHLAジェノタイピングシステムです。
このアッセイは、シングルチューブで11ローカス全てのClass IおよびClass II遺伝子座を増幅させ、amplicon poolingの必要性がありません。
また、使用するシーケンサーに応じたバーコードキットが提供されており、選択したプラットフォームでシーケンス可能なライブラリを作成できます。
得られたデータは最先端の解析ソフトウェア(TypeStream™ Visual)により、自動的にジェノタイピングされます。
PCRから解析まで、3日以内に結果を得ることができます。
本製品は、AllType NGSアッセイを行うためのPCR増幅試薬です。
ThermoFisher社Ion S5™/Ion GeneStudio™ S5および、llumina社MiSeq™/MiniSeq™/iSeq™ 100でのシーケンスに対応しております。
またライブラリ作成キット、アダプター・バーコードキットは含まれておりません。お使いの機器に対応した製品を別途購入ください。
<アップデート試薬のご案内>AllType FASTplex NGSはHLAジェノタイピングをさらに迅速に行うことができます。

2018/05/14 12:00の製品情報

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本製品は研究目的にのみ使用し、人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないようにご注意ください。

製品の特長

本製品の特長

対応するシーケンサーにMiniSeq/iSeq 100が追加されました!

  • マルチプレックスPCRで、HLA class Iおよびclass II領域に位置する11ローカスの遺伝子を1つのチューブで同時に増幅
  • Ion GeneStudio S5システム、MiSeq/MiniSeq/iSeq 100システム(Illumina)で解析可能 (※Ion PGMシステムには対応しておりません)
  • 測定終了後は専用解析ソフトウェアTypeStream Visualで自動解析
  • サンプル調整~測定~解析まで最短で2日、最大96検体を同時処理 (※使用する機器により最大サンプル数は異なります)

AllTypeの解析対象ローカスとその領域

HLA Class I Locus ターゲット領域 HLA Class II Locus ターゲット領域
A 5'-UTR ~ 3'-UTR(*) DRB1 Exon 2 ~ 3'-UTR(*)
B 5'-UTR ~ 3'-UTR(*) DRB3/4/5 Exon 2 ~ 3'-UTR(*)
C 5'-UTR ~ 3'-UTR(*) DQB1 Exon 2 ~ 3'-UTR(*)
(*)…3' UTRのイントロン領域も増幅 DPB1 Exon 2 ~ 3'-UTR(*)
DQA1 5'-UTR ~ 3'-UTR(*)
DPA1 5'-UTR ~ 3'-UTR(*)

AllType NGSのワークフロー

AllType NGSアッセイではLong RangeのMultiplex PCRを採用していますが、増幅は2.5時間程度で完了します。
その後、ライブラリー調整を経て次世代シークエンサーによるシークエンスを行い、解析を行います。
結果の取得までは2~3日となりますが、最適化されたプロトコールにより、ハンズオンタイムは最小限に抑えられています。

各装置でのシーケンスパフォーマンス

プラットフォーム シーケンス試薬 出力データサイズ 最大解析サンプル数 シーケンス時間
Ion GeneStudio S5 Ion 530 Chip 6-8 Gb / 15-20 M reads 48 21.5 h*
Ion GeneStudio S5Plus 8 h*
MiSeq Reagent Kit v2 4.5-5.1 Gb / 24-30 M reads 96 24 h
Micro Kit v2 1.2 Gb / 8 M reads 24 19 h
Nano Kit v2 500 Mb / 2 M reads 8 17 h
MiniSeq High Output Reagent Kit 6.6-7.5 Gb / 44-50 M reads 96 24 h
Mid Output Kit 2.1-2.4 Gb / 14-16 M reads 72 17 h
iSeq 100 i1 Regent 1.2 Gb / 8 M reads 24 17.5 h

*Ion Chefによるテンプレート調製の時間は含まれません。

ご利用のシーケンサーにより、出力データ量や解析可能なサンプル数が異なります。実験内容に適した機器と試薬をご選択ください。

専用解析ソフトウェア(TypeStream Visual)による解析

ユーザーの方にはAllType専用解析ソフトウェアTypeStream Visualを無償でお届けしております。
スタンドアローンでの解析が可能で、Ion S5又はIlluminaプラットフォームからのデータに対応しています。
IMGT/HLAライブラリーは6か月毎にupdateを行い、精度と正確性の高いHLAタイピングを実現します。

※TSV2.0の利用はソフトウェアおよび認証キーが必要となります。詳細はお問い合わせください。

※解析に必要なデータファイルはOne Lambda社ホームページからのダウンロード、もしくは弊社にお問い合わせください。

製品資料

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毒 毒物及び劇物取締法の「毒物」(法第2条別表第1)を含む製品です。
劇 毒物及び劇物取締法の「劇物」(法第2条別表第2)を含む製品です。
カ 「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律」(通称カルタヘナ法)の使用規制対象となる製品です。 ご使用に際しては規制に即し適切にお取り扱いください。
労 労働安全衛生法の「名称等を表示すべき危険物及び有害物」(法第57条)、あるいは「名称等を通知すべき危険物及び有害物」(法第57条第2項)を含む製品です。
向 麻薬及び向精神薬取締法の「麻薬向精神薬原料」(法第2条の7、別表第4)を含む製品です。