One Lambda AllType NGS AllType FASTplex NGS v2
- 研究用
AllType™ NGSアッセイは迅速性を実現したNGSベースのHLAジェノタイピングシステムです。
このアッセイは、シングルチューブで11ローカス全てのHLA Class IおよびClass II遺伝子座を増幅させ、amplicon poolingの必要性がありません。
また、使用するシーケンサーに応じたバーコードキットが提供されており、各プラットフォームでシーケンス可能なライブラリをできます。
得られたデータは最先端の解析ソフトウェア（TypeStream™ Visual）により、自動的にジェノタイピングされます。
本製品は、AllType NGSアッセイの実験フローおよび試薬を改良し、NGSによるHLAジェノタイピングの結果を2日で得られるキットです。
OLI-ALL-FAST11LFX：Illumina社MiSeq™/MiniSeq™/iSeq™ 100対応
OLI-ALL-FAST11LX：ThermoFisher社 Ion S5™/Ion GeneStudio™ S5対応
Class II Exon 1がカバーされたversion 2にアップデートされました！
2018/05/14 12:00の製品情報
本製品は研究目的にのみ使用し、人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないようにご注意ください。
製品の特長
本製品は、従来のAllType NGS製品のメリットを活かしつつ、実験にかかる労力とコストをさらに低減したHLAタイピングキットです。
※お使いのシーケンサーによって製品が異なりますのでご注意ください。
OLI-ALL-FAST11LFX：Illumina社MiSeq™/MiniSeq™/iSeq™ 100対応
OLI-ALL-FAST11LX：ThermoFisher社 Ion S5™/Ion GeneStudio™ S5対応
Class II Exon 1がカバーされたversion 2にアップデートされました！
AllType FASTplex NGS の特長
AllType + FASTplex = 実験をさらにシンプル、迅速に
- Multiplex PCR：1チューブで11ローカスを同時に増幅
- 実験時間の削減：ハンズオン90分、トータル7時間*でライブラリ作製
ライブラリ作成前のPCR産物の厳密な濃度調整が不要
ライブラリ作成の約7割を1チューブで実施
PCR～解析終了まで2日以内（24サンプルの場合） - 最大96サンプルの同時シーケンスが可能（Illumina社MiSeq/MiniSeq/iSeq 100でのシーケンスの場合）
- TypeStream Visual で解析：高速の自動タイピングを実現
＜AllType NGS AssayとAllType NGS FASTplex Assayの比較＞
PCR～シーケンス直前までのワークフロー（24サンプルの場合）
AllType NGS Assay（従来品）：ハンズオン約3.5時間、トータル約8.5時間
AllType NGS FASTplex Assay：ハンズオン約90分、トータル約7時間
従来のアッセイより、特にハンズオン時間と消耗品の大幅な削減が実現します。
AllType NGS FASTplex Assayの解析対象ローカスとその領域
version 2ではDRB1/DQB1/DPB1のExon1領域も増幅可能となりました
| HLA Class I Locus | ターゲット領域 | HLA Class II Locus | ターゲット領域 |
|---|---|---|---|
| A | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | DRB1 | Exon 1 + Exon 2 ～ 3'-UTR(*) |
| B | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | DRB3/4/5 | Exon 2 ～ 3'-UTR(*) |
| C | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | DQB1 | Exon 1 + Exon 2 ～ 3'-UTR(*) |
| (*)…3' UTRのイントロン領域も増幅 | DPB1 | Exon 1 + Exon 2 ～ 3'-UTR(*) | |
| DQA1 | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | ||
| DPA1 | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | ||
従来の11 Loci Primer Mixおよび、Class II Exon 1増幅用の11 Loci Exon 1 Primer Mixの2種を同時に利用してPCR増幅することで、従来のAllType NGS /AllType FASTplex NGS試薬よりも広い領域をカバーすることができます。
※11 Loci Primer Mixのみを利用したPCR増幅も可能です
AllType FASTplex NGSの試薬構成
PCR、ライブラリ作製に必要な試薬が1 Kitに含まれています。
Box 1*
- AllType試薬（PCR Buffer/Polymerase/Primer Mix (11 Loci Primer Mixおよび11 Loci Exon 1 Primer Mix)/dNTPs）
- FASTplex試薬（Sample Plate (Barcode)/Univ. Barcode/Library Primer Mix/Library Amp Mix）
Box 2
- FASTplex試薬（Barcoding Buffer/Stop Solution/Beads/DNA Suspension Buffer）
*製品コードにより一部内容が異なります。
AllType FASTplex NGS Assayのワークフロー
PCR増幅～タイピング結果取得までが2日以内に完了
（Illumina社シーケンサーの場合）
1日目：AllType FASTplex NGS 11 Loci Flex Kitを用いたPCR、ライブラリ調製、シーケンシング
2日目：TypeStream Visual によるデータ解析
（ThermoFisher社シーケンサーの場合）
1日目：AllType FASTplex NGS 11 Loci Kitを用いたPCR、ライブラリ調製、Ion Chefによる前処理
2日目：シーケンシング、TypeStream Visual によるデータ解析
各装置でのシーケンスパフォーマンス
| プラットフォーム | シーケンス試薬 | 出力データサイズ | 最大解析サンプル数 | シーケンス時間 |
| MiSeq | Reagent Kit v2 | 4.5-5.1 Gb / 24-30 M reads | 96 | 24 h |
| Micro Kit v2 | 1.2 Gb / 8 M reads | 24 | 19 h | |
| Nano Kit v2 | 500 Mb / 2 M reads | 8 | 17 h | |
| MiniSeq | High Output Reagent Kit | 6.6-7.5 Gb / 44-50 M reads | 96 | 24 h |
| Mid Output Kit | 2.1-2.4 Gb / 14-16 M reads | 72 | 17 h | |
| iSeq 100 | i1 Regent | 1.2 Gb / 8 M reads | 24 | 17.5 h |
| Ion GeneStudio S5 | Ion 520 | 1.2-2 Gb/ 4-6 M reads | 24 | 12 h |
| Ion 530 | 6-8 Gb/ 15-20 M reads | 48 | 21.5 h | |
| Ion GeneStudio S5 Plus | Ion 520 | 1.2-2 Gb/4-6 M reads | 24 | 5.5 h |
| Ion 530 | 6-8 Gb/ 15-20 M reads | 48 | 8 h |
ご利用のシーケンサーにより、出力データ量や解析可能なサンプル数が異なります。
実験内容に適した機器と試薬をご選択ください。
TypeStream Visual によるデータ解析
本製品を使用して得られたデータの処理には、TypeStream Visual (TSV) 2.1以上による解析が必要です。
version 1よりも解析時間が短縮され、迅速に結果を得ることができます。
また、GUIの改善および新機能も追加されており、さらに利用しやすいインターフェースとなりました。
※TSVの利用はソフトウェアおよび認証キーが必要となります。詳細はお問い合わせください。
※解析に必要なデータファイルはOne Lambdaホームページからのダウンロード、もしくは弊社にお問い合わせください。
