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新技術!フローサイトメトリーでタンパク質とRNAの同時検出

[ 2017-06-28 ]

フローサイトメトリーは、ひとつのワークフローの中で細胞の表面抗原と細胞内タンパク質の両方を多重染色で検出することが可能であること、そして一度に数百万の細胞をシングルセルのレベルで分取、解析できることから、ヘテロな細胞集団の解析法として長い間用いられています。

その一方、フローサイトメトリーによる解析は、解析対象に対する抗体の存在が必須であるという制限がありました。ノンコーディングRNA(ncRNA)、mRNA、ウィルスの転写産物、ある特定のモデル生物といった抗体の作製が困難なターゲットに対しては、フローサイトメトリーによる解析が困難であり、また、このような系の解析はタンパク質の検出やDNA の定量などそれぞれの実験を個別に実施せざるを得ませんでした。

InvitrogenTM PrimeFlowTM RNA Assay は、RNA とタンパク質の動態を同時にシングルセルのレベルで、数百万の細胞に対して解析を行うことを可能にしたアプリケーションです。このアッセイ法では、蛍光in situ ハイブリダイゼーション(FISH)の原理とbranched DNA(bDNA)によるシグナル増幅技術を用い、一般的なフローサイトメーターで1 細胞あたり最大4 種類のRNA を同時に検出することが可能です。RNA の検出を、細胞内タンパク質や細胞表面抗原の抗体による染色と組み合わせることで、シングルセルレベルでの細胞内動態の解析に新しいビジョンが広がります。

 

【特長】 

シングルセルレベルでの遺伝子発現の多様性の解析

同一の細胞内におけるRNA とタンパク質発現レベルの相互関係の解析

各細胞サブセットにおけるmiRNAを含むncRNA の解析

感染細胞におけるウィルスRNA の解析

抗体の選択肢が限定される場合のmRNA による発現解析

最大4種類のRNAを同時検出(mRNA、miRNAの同時検出も可能)

 

【データ例】 

primeflow フローサイトメトリー RNA

PrimeFlow RNA AssayによるmiR-146a, Arg1 mRNA, Cxc113 mRNA, Retnla mRNA の検出

C57Bl/6 マウスの腹腔浸出液をPrimeFlow RNA Assayで解析した。腹腔浸出液より得られた細胞をAnti-mouse F4/80 eFluor450 、Anti-mouse CD11b-PE-Cy7で染色後PrimeFlow RNA Assay buffer で固定・透過処理した。固定・透過処理した細胞に対し、Type 1 (AlexaFluor™647)-Human/Mouse miR146a、Type 4 (AlexaFluor 488)-Mouse Arg1、Type 6 (AlexaFluor 750)-Mouse Cxcl13、 Type 10 (AlexaFluor 568)-Mouse Retnla により各ターゲットを染色した。解析はCD11b 陽性の生細胞のみについて行った。
small peritoneal macrophages (SPM, F4/80-)、large peritoneal macrophages (LPM, F4/80+)のそれぞれの細胞群について、miR-146aが陽性であった。SPM はRetn1a (Relm-alpha) mRNA が高発現している一方、LPM ではCxcl13 mRNA が高発現であり、かつArg1 mRNAが低発現であることが明らかになった。

 

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【技術資料】

PrimeFlow RNA Assay製品フライヤー(英語)